Harukoi Otome gira em torno do protagonista Akihito Hayasaka, um estudante do segundo grau do sexo masculino. A escola secundária em que frequenta a St. Francesca Academy costumava ser uma escola só para meninas, mas hoje abriga ambos os sexos, apesar da quantidade de meninas ainda ser predominante. A irmã mais nova de Akihito (Umi Hayasaka) e seu amigo de infância (Yuika Serizawa) também são estudantes lá. Akihito encontra muitas meninas lá, e se torna amigo intimo de algumas delas.